Jeszcze poważniejsze były przeszkody naturalne. Nekropolia, jak już o tym wspomniano, była zamknięta z dwóch stron, na północy i na zachodzie, dość stromymi zboczami wzgórza watykańskiego. Grób Apostoła wykopany był dokładnie na stoku wzgórza, Wytworzona przez pochyłość wzgórza różnica poziomu osiągała 11 metrów między północnym i południowym krańcem budowli zaprojektowanej przez architektów oraz 14 metrów między jej krańcem zachodnim i wschodnim. Trzeba więc było wzgórze naciąć i wypełnić częściowo dolinę. Przerzucając w inne miejsce ponad 40 000 metrów sześciennych ziemi58 dokonano gigantycznej pracy, co można tłumaczyć jedynie chęcią ścisłego respektowania lokalizacji grobu i uczynienia zeń centralnego punktu sanktuarium. Od strony południowej należało zbudować dla podtrzymania budowli trzy mury wysokości 8 metrów i grubości 2 metrów. Na północy okazały się niezbędne potrójne fundamenty. Aby umieścić na tych murach i fundamentach ogromną platformę podtrzymującą konstrukcję, musiano obniżyć najwyższe mauzolea, to jest mauzolea położone w zachodniej części nekropolii. Trzeba też było przystąpić do wykonania poważnych robót drenażowych, nie wystarczających zresztą, gdyż papieże św. Damazy (366-384) i św. Grzegorz Wielki (590- 604) musieli je podjąć na nowo, oraz odwrócić bieg wód, które naruszały trwałość fundamentów budowli.
więcej